Hiện các bác sĩ đang xem xét liệu vaccin HPV mới được cấp phép, Gardasil, có thể được sử dụng để giúp phòng ngừa ung thư hậu môn ở nam giới đồng tính luyến ái hay không. Vaccin có hiệu quả đối với 4 chủng HPV chủ yếu gây ung thư cổ tử cung và ung thư hậu môn cũng như mụn cóc vùng sinh dục và vùng hậu môn. Chính vì hậu môn tương tự về mặt sinh học với cổ tử cung  nên các bác sĩ hi vọng rằng vaccin có thể hữu ích đối với ung thư hậu môn.
Tỷ lệ ung thư hậu môn ở nam giới đồng tính luyến ái tương tự như tỷ lệ ung thư cổ tử cung trước khi có thử nghiệm sàng lọc phiến đồ Pap. Các chuyên gia Australia và châu Âu sử dụng Gardasil cho các cậu bé nam từ 9 đến 15 tuổi do kết quả của các nghiên cứu chỉ ra vaccin tạo được đáp ứng miễn dịch ở nhóm này. Tuy nhiên khả năng của Gardasil trong việc phòng ngừa nhiễm trùng ở nam giới có hoạt động tình dục còn chưa đuợc chứng minh. Merck hiện đang tiến hành thử nghiệm Gardasil trên 4000 nam giới trong đó có 500 nam giới tự xác nhận là đồng tính luyến ái  và kết quả sẽ được công bố trong năm nay.