Việc tăng cường y học cổ truyền trong chăm sóc và bảo vệ sức khỏe nhân dân luôn được huyện Thanh Trì quán triệt, triển khai tích cực, hiệu quả.
Hiện nay, trên địa bàn huyện Thanh Trì có 07 bệnh viện (06 bệnh viện công, 01 bệnh viện tư nhân); Trung tâm y tế huyện, Phòng khám đa khoa khu vực Đông Mỹ, Trạm y tế 16 xã, thị trấn. Hệ thống ngoài công lập có 605 cơ sở gồm 496 cơ sở dược.
Hội Đông y huyện được thành lập từ năm 1957. Số lượng hội viên ngày càng tăng từ 158 hội viên lên 189 hội viên, sinh hoạt tại 09 chi hội cơ sở. Đến nay, Hội Đông y huyện tiếp tục được củng cố và không ngừng phát triển; trình độ chuyên môn, độ tuổi của hội viên cũng đa dạng, phong phú hơn, từ 16 hội viên tăng lên 23 hội viên có trình độ y đại học và sau đại học.
Ngoài ra, trên địa bàn huyện còn có 21 Phòng chẩn trị y học cổ truyền đã được Sở Y tế cấp phép hoạt động theo quy định.
Đến nay, toàn huyện duy trì và phát triển vườn thuốc Nam mẫu tại các xã, thị trấn và 1 trang trại bảo tồn phát triển giống cây trồng và dược liệu quy mô trên 2 ha; duy trì và bảo tồn trên 70 cây dược liệu; 100% Trạm y tế có vườn thuốc Nam hoặc trồng trong chậu cây mẫu tại Trạm y tế, có ít nhất 40 - 60 loại cây thuốc Nam trở lên theo quy định của Bộ Y tế.
Đáng chú ý, Huyện đã chỉ đạo Hội Đông y triển khai và duy trì đề án “Mô hình sản xuất một số cây dược liệu theo tiêu chuẩn an toàn (GACP-WHO) và Vietgap” áp dụng ở một số vùng có quỹ đất và truyền thống canh tác. Đề án góp phần tích cực vào sự phát triển ngành Đông y, Đông dược trong tình hình mới.
