Tháng 5 cũng là Tháng hành động vệ sinh bàn tay của Bệnh viện Bạch Mai. Để tháng hành động đạt hiệu quả cao, tạo được thói quen, nề nếp vệ sinh tay cho các nhân viên y tế nhằm giảm thiểu nguy cơ nhiễm khuẩn bệnh viện, bệnh viện đã tổ chức tập huấn, kiểm tra, giám sát công tác vệ sinh tay. Cũng trong tháng 5, bệnh viện đã tổ chức thành công một số Buồn nôn hội nghị, hội thảo, lớp tập huấn, điển hình là Hội nghị quốc tế về ứng dụng Y học hạt nhân trong ung thư, tim mạch và các bệnh khác đã đem lại hiệu quả thiết thực trong điều trị bệnh nhân và được sự đánh giá cao của các bạn đồng nghiệp quốc tế. Bệnh viện cũng đã tổ chức hội thảo về thực hành lâm sàng tốt (GCP), do các chuyên gia của Vụ Khoa học Đào tạo - Bộ Y tế trực tiếp tham gia giảng dạy thu hút sự quan tâm của rất nhiều các bác sỹ trong bệnh viện đồng thời bệnh viện cũng đã thành lập Đơn vị thử nghiệm lâm sàng đầu tiên.
Tuy nhiên, vấn đề quan trọng nhất của bệnh viện hiện tại là Phòng chống dịch. Bệnh viện đã và đang chuẩn bị kế hoạch để đối phó với 4 loại dịch bệnh có nguy cơ bùng phát đó là: dịch tả, dịch sốt xuất huyết, dịch cúm AH5N1 và dịch cúm AH1N1. Tính từ 4/5 đến 18/5/2009 tại Bệnh viện Bạch Mai đã có 13 ca nhập viện do tiêu chảy cấp, số ca dương tính với phẩy khuẩn tả là 11 và theo thông tin từ Bộ Y tế thì từ 20/4/2009 đến 21/5/2009 cả nước đã có 12 tỉnh, thành ghi nhận có trường hợp dương tính với phảy khuẩn tả. Về tình hình dịch cúm A(H1N1), Tổ chức Y tế thế giới cho biết tính đến ngày 21/5/2009 đã có 41 quốc gia chính thức Ghế hòa phát báo cáo có dịch cúm A(H1N1) với 11.034 ca nhiễm, trong đó 85 trường hợp đã tử vong. Hiện tại thì Việt Nam chưa ghi nhận ca cúm A (H1N1) nào nhưng nguy cơ lây lan là rất lớn. Do vậy phòng chống dịch là công tác hết sức cấp bách của ngành y tế nói chung và Bệnh viện Bạch Mai nói riêng. Tại cuộc họp này, Ban giám đốc bệnh viện đã đề nghị các đơn vị cần chú trọng tới công tác này, cố gắng giảm tải bệnh nhân để đề phòng nguy cơ bùng phát của các dịch. Bệnh viện sẽ tiếp tục mở các lớp tập huấn cho các bác sỹ, y tá trong toàn bệnh viện để hiểu rõ hơn và sẵn sàng đối phó và có kế hoạch triển khai dập dịch khi có dịch bệnh xảy ra.
T.H